MEGA的全称是Molecular Evolutionary Genetics analysis分子进化遗传分析。 MEGA可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
打开
选择Alignment—- Alignment Explorer/CLUSTAL，出现一个对话框：
根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Create a new alignment”，出现：
根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择，在此我选择“Yes”，出现：
Date— Open— Retrieve Sequences from File，选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]：
选择之后，得到：
双击文件名可以进行修改(某些Clustal X版本无法识别原FASTA文件名的，在这里就可以修改了，就像用汉化版的Clustal X 1.81不可以识别某些序列文件名)，修改后如下：
右键菜单点击删除Clustal X中附带的“※”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”，以便下次再用。然后再补充一下，此整合了Clustal X程序，菜单Alignment中选择“Align by Clustalx”即可。选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框：
选择默认设置，点击OK就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程：
等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：
选择Yes，出现：
输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现:
当这个序列数据界面出来后，注意的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：
选择主界面中的Phylogeny菜单，Bootstrap Test of Phylogeny— Neighbor-joining…
Bootstrap选择1000次重复，模型选择核酸—p-distance。Compute后，得出系统结构树，如下：BY kousyouki
关于megafilex的内容到此结束，希望对大家有所帮助。
